Buchungsfehler können bei der elektronischen Zeiterfassung auftauchen. Wird eine vorgenommene Buchung automatisch als Kommt- oder Geht-Buchung erkannt und zugeordnet, so kann es zu Störungen und Berechnungsfehlern kommen, wenn zwischendurch Buchungen fehlen oder vergessen wurden. Auch bei kurzfristigen Wechseln zwischen Arbeitszeitmodellen oder bei Zusatzschichten und Überstunden können solche Zuordnungsfehler auftreten.