Betriebspolitische Konfliktsituationen im Zusammenhang mit flexiblen Arbeitszeiten bestehen oft in Entscheidungs- und Regelungskonflikten auf unteren Ebenen, die sich gelegentlich verfestigen und als "Motivationskiller" weiterwuchern können. Bei den übergeordneten Entscheidungsebenen muss Klarheit hergestellt werden, dass Konflikte als Lernimpuls begriffen werden und wie Konflikte bearbeitet werden sollen. Es ist jeweils zu prüfen, ob die Rahmenbedingungen der Arbeitszeitgestaltung angepasst werden müssen.

Eine betriebliche Regelung muss Entscheidungswege und Instanzen vorsehen, die bei betrieblichen Störungen angerufen werden, um die Konfliktregulierung zu moderieren und tragfähige Lösungen zu formulieren.